請教下大神,實時定量pcr(qpcr)實驗,看擴增曲線的意義

2021-03-20 02:32:48 字數 5572 閱讀 1473

1樓:科研高手

你好,擴增曲線可以粗略地判斷擴增效

率。sybr green的雙delta ct法要求目的基因和內參的擴增效率基本一致。如果不一致,需要對公式進行修正,部分qpcr儀的配套軟體可以做到,直接輸入每對引物的擴增效率。

但無論如何,保證高擴增效率是實驗成功的關鍵。如果擴增效率一致,不同ct的曲線顯示出來就基本是平行的位移,其傾斜程度基本一致。而如下圖一樣,一條比較「陡」,另一條比較「平」,那麼意味著擴增效率不一致。

有可能是引物效率不一,或者個別樣品、反應孔存在抑制pcr的汙染等。

來自:肽度時界威客吳博士,有科研難題、科研需求就上肽度時界吧!

實時定量pcr擴增曲線怎麼分析

2樓:南京金益柏生物科技****

可能是模板濃度太低了,都沒有達到閾值的,剛開始要做不同濃度梯度的,摸一下模板濃度條件

3樓:桑桑雙子的老巢

你好,擴增曲線可以粗略地判斷擴增效率。sybr green的雙delta ct法要求目的基因和內參的擴增效率基本一致。如果不一致,需要對公式進行修正,部分qpcr儀的配套軟體可以做到,直接輸入每對引物的擴增效率。

但無論如何,保證高擴增效率是實驗成功的關鍵。如果擴增效率一致,不同ct的曲線顯示出來就基本是平行的位移,其傾斜程度基本一致。而如下圖一樣,一條比較「陡」,另一條比較「平」,那麼意味著擴增效率不一致。

有可能是引物效率不一,或者個別樣品、反應孔存在抑制pcr的汙染等。

來自:肽度時界威客吳博士,有科研難題、科研需求就上肽度時界吧!

熒光定量pcr中擴增曲線能說明什麼問題

4樓:首暢郎凌雪

在熒光法定量pcr中溶解曲線直接表示了引物的特異性,如果是單一的峰,那麼我們要看的是tm值在**,通常情況下都是80---90之間,如果太小那可能擴增出來的不是你想要的片段就是引物二聚體,如果兩個峰那就說明出現了非特異性擴增

實時熒光定量pcr沒出現擴增曲線為什麼

5樓:匿名使用者

說明擴增失敗。常見原因如下:(1)定量試劑質量較差;(2)模板質量太差;(3)引物質量太差;(4)pcr擴增時反應程式的設定有問題。

實時定量pcr的結果是怎樣分析的

6樓:小乾乾

1、如果有標準曲線,按照標準曲線計算。

2、一般都是相對量,則用delta delta ct方法來計算。

3、舉例如下:對照組基因a的ct值為20, 內參(比如βactin)ct值15。實驗組基因a ct值18,內參ct值14。

4、首先算加樣量:delta ct=15-14=1。2的1次方是2。

也就是說實驗組的加樣量是對照組的2倍。基因a: delta ct=20-18=2。

2的2次方是4。也就是說基因a的量在實驗組是對照組的4倍。但是由於加樣量是2倍,所以4處以2=2,最後的相對量是2倍。

5、幾點注意:必須確定擴增的特異性,只有相同目標的ct值才能相減(擴增效率有可能不同),2的某次方只是理論值,實際擴增效率低於2,最好不用syber green。

7樓:豆村長de草

實時熒光定量pcr技術是在pcr反應體系中加入熒光基團,利用熒光訊號積累實時監測整個pcr程序,最後通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。

基線在pcr擴增反應的最初數個迴圈裡,熒光訊號變化不大,接近一條直線,這樣的直線即基線。光域值threshold的設定,一般將pcr反應前15個迴圈的熒光訊號作為熒光本底訊號,熒光域值是pcr3-15個迴圈熒光訊號標準差的10倍,熒光域值設定在pcr擴增的指數期。

融解曲線是用來驗證擴增產物特異性的,如果產物是單一條帶,融解曲線就會出現一尖峰;如果有引物二聚體或其它非特異性擴增,就會出現至少兩個尖峰。

擴充套件資料:

時熒光定量pcr儀real-time qpcr 常見問題分析:

1、無ct值出現

1)檢測熒光訊號的步驟有誤:一般sg法採用72℃延伸時採集,taqman法。則一般在退火結束時或延伸結束採集訊號;

2)引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性;

3)模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;

4)模板降解:避免樣品製備中雜質的引入及反覆凍融的情況。

2、ct 值出現過晚(ct>38)

1)擴增效率低:反應條件不夠優化,設計更好的引物或探針、改用三步法 進行反應、適當降低退火溫度、增加鎂離子濃度等;

2)pcr各種反應成分的降解或加樣量不足,

3)pcr產物太長:一般採用80-150bp的產物長度。

3、標準曲線線性關係不佳

1)加樣存在誤差:使得標準品不呈梯度;

2)標準品出現降解:應避免標準品反覆凍融,或重新制備並稀釋標準品;

3)引物或探針不佳:重新設計更好的引物和探針;

4)模板中存在抑制物,或模板濃度過高。

8樓:匿名使用者

實時定量pcr的結果是可以和所有核酸結合,沒有特異性。

要保證特異性的話,最好用其他的方法。擴增體系中加入模板dna的體積,比如同時10微升的體系,對照組加1微升dna,實驗組加2微升dna,則實驗組的加樣量是對照組的2倍。

看ct值是分析熒光定量pcr最直觀的一個資料,ct值一般在35左右就失去參考價值了,平時我們實驗室用biodai-pcr熒光定量法測得的擴增曲線的起跳值基本在30左右。

擴充套件資料:

real-time qpcr 常見問題分析:

一、無ct值出現

1、檢測熒光訊號的步驟有誤:一般sg法採用72℃延伸時採集taqman法。

則一般在退火結束時或延伸結束採集訊號。

2、引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性。

3、模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起。

4、模板降解:避免樣品製備中雜質的引入及反覆凍融的情況。

二、ct 值出現過晚(ct>38)

1、擴增效率低:反應條件不夠優化,設計更好的引物或探針、改用三步法 進行反應、適當降低退火溫度、增加鎂離子濃度等。

2、pcr各種反應成分的降解或加樣量不足。

3、pcr產物太長:一般採用80-150bp的產物長度。

三、標準曲線線性關係不佳

1、加樣存在誤差:使得標準品不呈梯度。

2、標準品出現降解:應避免標準品反覆凍融,或重新制備並稀釋標準品。

3、引物或探針不佳:重新設計更好的引物和探針。

4、模板中存在抑制物,或模板濃度過高。

四、負對照有訊號、溶解曲線不止一個主峰

1、引物設計不夠優化:應避免引物二聚體和髮夾結構的出現。

2、引物濃度不佳:適當降低引物的濃度,並注意上下游引物的濃度配比。

3、鎂離子濃度過高:適當降低鎂離子濃度,或選擇更合適的mix 試劑盒。

4、模板有基因組的汙染:rna提取過程中避免基因組dna 的引入,或通過引物設計避免非特異擴增。

五、擴增效率低

1、反應試劑中部分成分特別是熒光染料降解。

2、反應條件不夠優化:可適當降低退火溫度或改為三步擴增法。

3、反應體系中有pcr反應抑制物:一般是加入模板時所引入,應先把模板適度稀釋,再加入反應體系中,減少抑制物的影響。

9樓:寵愛認

常見分析角度:

1.無ct值出現

(1)檢測熒光訊號的步驟有誤:一般sg法採用72℃延伸時採集,taqman法則一般在退火結束時或延伸結束採集訊號;

(2)引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性;

(3)模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;

(4)模板降解:避免樣品製備中雜質的引入及反覆凍融的情況。

2.ct 值出現過晚(ct>38)

(1)擴增效率低:反應條件不夠優化,設計更好的引物或探針、改用三步法 進行反應、適當降低退火溫度、增加鎂離子濃度等;

(2)pcr各種反應成分的降解或加樣量不足,

(3)pcr產物太長:一般採用80-150bp的產物長度。

3.標準曲線線性關係不佳

(1)加樣存在誤差:使得標準品不呈梯度;

(2)標準品出現降解:應避免標準品反覆凍融,或重新制備並稀釋標準品;

(3)引物或探針不佳:重新設計更好的引物和探針;

(4)模板中存在抑制物,或模板濃度過高。

4.負對照有訊號、溶解曲線不止一個主峰

(1)引物設計不夠優化:應避免引物二聚體和髮夾結構的出現;

(2)引物濃度不佳:適當降低引物的濃度,並注意上下游引物的濃度配比;

(3)鎂離子濃度過高:適當降低鎂離子濃度,或選擇更合適的mix 試劑盒;

(4)模板有基因組的汙染:rna提取過程中避免基因組dna 的引入,或通過引物設計避免非特異擴增。

5.擴增效率低

(1)反應試劑中部分成分特別是熒光染料降解;

(2)反應條件不夠優化:可適當降低退火溫度或改為三步擴增法;

(3)反應體系中有pcr反應抑制物:一般是加入模板時所引入,應先把模板適度稀釋,再加入反應體系中,減少抑制物的影響。

如何作qpcr的標準曲線

10樓:夏娃的夏天

作qpcr的標準曲線可以用pcr-elisa法作。

具體如下:

pcr-elisa法:

利用地高辛或生物素等標記引物,擴增產物被固相板上特異的探針所結合;

再加入抗地高辛或生物素酶標抗體-辣根過氧化物酶結合物,最終酶使底物顯色。

常規的pcr-elisa法只是定性實驗,加入內標,作出標準曲線,也可實現定量檢測目的。

通過測定一系列已知組分的標準物質的某理化性質,從而得到該性質的數值所組成的曲線。

擴充套件資料

實時熒光定量pcr技術,在pcr反應體系中加入熒光基團,利用熒光訊號積累實時監測整個pcr程序,最後通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。

檢測方法:

1、sybrgreenⅰ法:

在pcr反應體系中,加入過量sybr熒光染料,sybr熒光染料特異性地摻入dna雙鏈後,發射熒光訊號。

而不摻入鏈中的sybr染料分子不會發射任何熒光訊號,從而保證熒光訊號的增加與pcr產物的增加完全同步。

sybr定量pcr擴增熒光曲線圖、pcr產物熔解曲線圖(單一峰圖表明pcr擴增產物的單一性)。

2、taqman探針法:

探針完整時,報告基團發射的熒光訊號被淬滅基團吸收;

pcr擴增時,taq酶的5』-3』外切酶活性將探針酶切降解,使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離,從而熒光監測系統可接收到熒光訊號。

即每擴增一條dna鏈,就有一個熒光分子形成,實現了熒光訊號的累積與pcr產物的形成完全同步。

pcr反應的前15個迴圈的熒光訊號作為熒光本底訊號,熒光閾值的預設(預設)設定是3-15個迴圈的熒光訊號的標準偏差的10倍,即:threshold = 10*sdcycle 3-15。

利用已知起始拷貝數的標準品可作出標準曲線,其中橫座標代表起始拷貝數的對數,縱座標代ct值。因此,只要獲得未知樣品的ct值,即可從標準曲線上計算出該樣品的起始拷貝數。

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