同時對物種進行轉錄組測序和建立cDNA文庫有什麼好處

2022-10-14 06:15:23 字數 1986 閱讀 7604

1樓:伊蘭卡

轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有 rna 的總和, 是研 究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是,轉錄組的定義中包含了 時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下,其基因表達情況 是不完全相同的。

環境微生物生態多樣性研究中的突出優勢體現在: (1) 測序序列長,便於聚類拼接,可以對轉錄本進行從頭組裝(de novo assembly)。 (2) 測序通量高,可以檢測到低丰度轉錄本資訊。

(3) 可以對無基因組參考序列的新物種進行轉錄組測序,發現新的轉錄本和亞 型。 (4) 實驗操作簡單、結果穩定,可重複性強。無需進行克隆的文庫構建,雙鏈 cdna 連線 454 接頭後可以直接進行測序,實驗週期短。

(5) 測序資料便於進行生物資訊分析,可以進行基因差異表達分析、鑑定基因 的可變剪下以及**新基因。

2樓:浦恐

cdna相比於轉錄組的優點是包含有該物種的全部轉錄本,可以便捷的克隆該物種的所需基因,而不必考慮時空表達的差異。

轉錄組的優點在於是某個特定時期的所有轉錄產物,可以用來研究某一生理條件或時空條件下該物種轉錄水平和正常情況下的差異。

話說昨晚似乎回答過你的這個問題。

如何構建一個物種的cdna文庫

3樓:

當反轉錄,或隨機引物與聚t合成第一鏈互補的mrna,mrna和第二條鏈是相同的。

中國因此,如果對基因的rna 5' - 3',所述第一鏈反向,第二鏈是陽性。

轉錄組測序和cdna文庫的區別

cdna文庫是什麼?

4樓:bie___汀

部分基因文庫

cdna是指以mrna為模板,由逆轉錄酶催化形成的互補dna(cdna),其核苷酸序列完全互補於模板mrna鏈;再以cdna為模板,由dna聚合酶合成第二鏈,得到互補雙鏈dna.由於模板mrna含有該種細胞的各種mrna分子,因而合成的cdna產物是各種mrna拷貝的混合物,然後將雙鏈產物與載體(質粒或噬菌體)dna重組,並轉化到宿主細菌或包裝成噬菌體顆粒,得到一系列重組的克隆混合體.每個克隆含單獨一種mrna分子,克隆總和則包含細胞的全部mrna資訊,即cdna文庫.

轉錄組測序得到的完整cds區可信嗎

外顯子捕獲測序和轉錄組測序分析有什麼不同

5樓:匿名使用者

答:外顯子捕獲測序和轉錄組測序都是針對基因組上轉錄區域進行測序,但是外顯子捕獲測序針對已有基因組資訊的物種,而轉錄組分析既能針對已有基因組資訊的物種,也能針對沒有基因組資訊的新物種,因此,兩者的分析存在一定的差異:

(1)分析的目標區域有所不同。外顯子捕獲測序只針對基因組上已知的編碼區,而轉錄組測序不僅針對基因組上已知的編碼區,還能夠檢測非編碼rna等轉錄組的資訊。

(2) 分析的手段所有不同。外顯子捕獲測序只需要把測序結果比對基因組,分析序列差異。轉錄組測序既可以把測序結果比對基因組,也可以進行從頭(de novo)拼接。

(3) 得到的結果有所不同。外顯子捕獲測序可以得到序列變異的資訊,而轉錄組測序不僅可以獲得已知序列的變異資訊和新的轉錄本資訊(針對從頭拼接),還可以得到表達譜資訊。除此以外,轉錄組測序還能夠分析mrna的可變剪接,而外顯子捕獲測序的樣品**是基因組,不能夠進行mrna的可變剪接分析,只能夠得到外顯子上的序列變化。

轉錄組測序有參考基因組和無參考基因組的區別

6樓:砂粒

轉錄組測序是rna水平測序,相當於dna水平的基因

組測序,是一個框架。表達譜主要研究的是基因表達量的變化,上調或下降。先要有轉錄組或是基因組才可以做表達譜,否則沒有ref做參考。

轉錄組測序和表達譜其實都是通過高通量測序技術進行的,轉錄組測序主要是針對沒有參考基因組(即基因組未完成測序)的物種,側重於獲得你材料的全部轉錄組資訊;而表達譜則側重於檢測各個基因的表達量。

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