怎樣根據mRNA設計引物

2021-03-04 04:29:04 字數 499 閱讀 9190

1樓:為青生物

先找復到基因的mrnax序列。

引物設計引數制:

a引物長度一般在20bp左右bai,上下游引物鹼du基長度不要相差超zhi過4個鹼基。dao

b引物退火溫度一般在58度,不同軟體tm使用不同的演算法,primer3,primer

5,primer

6,primer

express等一般可以設定在55-58度,beacon

design可以設定在65左右。

cgc含量一般沒什麼特殊要求,40-60最好,如果不好設計,30-80也是可以的。

d產物長度在100-150,80-200也可以,不要在50bp左右,那樣和引物二聚體不好區分,超過200bp可能會影響pcr擴增。

e軟體給出的引物不能有髮卡結構和超過3-4個鹼基的匹配,特別是3`端不能有鹼基匹配,那樣更容易形成二聚體。

f引物設計好以後,在ncbi上做一個primer-blast,檢測一下是否有非特異性擴增。

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