1樓：匿名使用者
資源描述:
密碼子使用資料庫是cutg的www延伸版本，物種密碼子使用頻率可以從該**查詢。查詢可以通過物種拉丁名或其子字串搜尋。每個物種密碼子使用表包括密碼子使用的頻率（千分比）和每個密碼子在物種所有cds中使用的總數。
現在資料庫中已包括16591種物種或700501個蛋白編碼基因全序列。
我來推薦一個codon usage analyzer（見連結）其與codon usage database 結合使用，使你的密碼優化變得更簡單！
2樓：樂茗展爾陽
把dna序列上編碼某氨基酸的密碼子序列換成該氨基酸大腸桿菌偏好的密碼子序列。
密碼子偏好性研究 5
3樓：匿名使用者
不同的生物，甚至同種生物不同的蛋白質編碼基因，對簡併密碼子使用頻率並不相同，具有一定的偏愛性，其決定因素是：生物基因組中的鹼基含量 在富含at的生物（如單鏈dna噬菌體fx174）基因組中，密碼子第三位上的u和a出現的頻率較高；而在gc 豐富的生物（如鏈黴菌）基因組中，第三位上含有g或c的簡併密碼子佔90%以上的絕對優勢。已知dnag和rpod（編碼rna聚合酶亞基）及rpsu（30s核糖體上的s21б蛋白）屬於大腸桿菌基因組上的同一個操縱子，而這3個基因產物在數量上卻大不相同，每個細胞內僅有dnag產物50拷貝，而rpod為2800拷貝，rpsu則高達40 000拷貝之多。
研究dnag序列發現其中含有不少稀有密碼子，也就是說這些密碼子在其他基因中利用頻率很低，而在dnag中卻很高。許多調控蛋白如laci、arac、trpr等在細胞內含量也很低，編碼這些蛋白的基因中密碼子的使用頻率和dnag相似，而明顯不同於非調節蛋白。高頻率使用這些密碼子的基因翻譯過程極容易受阻，影響了蛋白質合成的總量。
細胞內對應於稀有密碼子的trna較少，高頻率使用這些密碼子的基因翻譯過程容易受阻，影響了蛋白質合成的總量。
密碼子偏好性分析 說明什麼問題
4樓：匿名使用者
核基因密碼子使用偏好性分析
赤芝(ganoderma lucidum)是一種具有悠久藥用歷史的藥用真菌，其主要活性成分靈芝三萜具有重要的藥用價值，為了實現靈芝三萜的體外高效異源合成，就要首先了解赤芝的密碼子使用特性，從而有針對性的提高關鍵酶基因在原核、真核表達系統中的表達量.通過密碼子使用偏好分析，我們發現赤芝基因組總gc含量為59.5％，密碼子第三位鹼基gc 含量為70.
6％，說明赤芝中偏好以gc 結尾的密碼子，以轉錄組資料為基礎的分析結果一致，表示在沒有基因組資料的情況下，轉錄組分析密碼子偏好性可行.通過計算，我們得到了赤芝中的22 個最優密碼子，與大腸桿菌、釀酒酵母的密碼子使用特性相比，大腸桿菌稀有密碼子在赤芝基因中出現的頻次較低，然後釀酒酵母稀有密碼子在赤芝基因中出現的頻次較高，顯示其對外源赤芝基因的表達會產生一定的影響.
5樓：cofe_飛
每一個物種都有其密碼子使用的偏好性，在這個物種使用頻率高的密碼子在另一個物種裡不一定高，如果兩個密碼子使用頻率差很大，那麼當這個外源基因插入到另一個物種中進行表達時（當然還要構建載體什麼的，不贅述），蛋白的表達量就很低。在進行蛋白表達時，一定要考慮宿主菌的密碼子偏好性，然後根據密碼子的偏好性進行密碼子的優化。
密碼子偏愛性是什麼？
6樓：匿名使用者
不同的生物，甚至同種生物不同的蛋白質編碼基因，對簡併密碼子使用頻率並不相同，具有一定的偏愛性，其決定因素是：生物基因組中的鹼基含量 在富含at的生物（如單鏈dna噬菌體fx174）基因組中，密碼子第三位上的u和a出現的頻率較高；而在gc 豐富的生物（如鏈黴菌）基因組中，第三位上含有g或c的簡併密碼子佔90%以上的絕對優勢。已知dnag和rpod（編碼rna聚合酶亞基）及rpsu（30s核糖體上的s21б蛋白）屬於大腸桿菌基因組上的同一個操縱子，而這3個基因產物在數量上卻大不相同，每個細胞內僅有dnag產物50拷貝，而rpod為2800拷貝，rpsu則高達40 000拷貝之多。
研究dnag序列發現其中含有不少稀有密碼子，也就是說這些密碼子在其他基因中利用頻率很低，而在dnag中卻很高。許多調控蛋白如laci、arac、trpr等在細胞內含量也很低，編碼這些蛋白的基因中密碼子的使用頻率和dnag相似，而明顯不同於非調節蛋白。高頻率使用這些密碼子的基因翻譯過程極容易受阻，影響了蛋白質合成的總量。
細胞內對應於稀有密碼子的trna較少，高頻率使用這些密碼子的基因翻譯過程容易受阻，影響了蛋白質合成的總量。
如何分析基因的密碼子偏愛性
7樓：iku快開始
gentleness, vigor and a keenness of
原核基因在大腸中表達存在密碼子偏愛性嗎？
8樓：匿名使用者
是的bai原核表達這是個很
du重要的問題 如果你的基因
zhiorf中存dao在稀有密碼子 會嚴重專影響表達 尤其是arg(agg,aga,cga);leu(cta);ile(ata);pro(ccc). 當然屬重複存在更增加了表達的難度。
如果你的稀有密碼子比例不是很大 可以用rosetta菌株試試 它補充了一定的大腸桿菌稀有密碼子
但是如果比例很大就不可以了 考慮自己合成基因好了我的片段就是 含40%稀有密碼子 檢測組蛋白有表達訊號 但是基因不表達
密碼子的性質
1.通用性 高等生物和低等生物在很大程度上共用一套密碼子，體現了生命的同一性。正因為生物共用一套遺傳密碼子，所以人們才能通過基因工程手段獲得所需要的基因工程產物或培育出有新性狀的生物體。如將人的胰島素基因通過基因工程手段轉移到大腸桿菌細胞內，正因為大腸桿菌和人在密碼子上的通用性，所以才能利用大腸桿菌...
何謂密碼子的搖擺性，何謂密碼子的簡併性和擺動性分析，二者有何生物學意義
搖擺性 密碼子中第三位鹼基與反密碼子第一位鹼基的配對有時不一定完全遵循a u g c的原則，也就是說密碼子的鹼基配對只有第 一 二位是嚴謹的，第三位嚴謹度低，這種情況稱為搖擺性。1966年，crick 克里克爵士 根據立體化學原理提出擺動學說 webblehypothesis 解釋了反密碼子中某些稀...
遺傳資訊和遺傳密碼指什麼，密碼子和遺傳密碼的區別
一個儲存在dna,還有一個是密碼子，可以翻譯除氨基酸。順便說一下，這是生物問題吧 密碼子和遺傳密碼的區別 遺傳密碼是指dna上的鹼基序列，密碼子指的是轉錄到mrna上的鹼基序列 遺傳密bai碼 ge ic code 核酸中的核du苷酸殘基序列與蛋白質中zhi的氨dao基酸殘基序列之專間的對應關係。屬...