1樓:匿名使用者
首先說下背景,bai我畢論有大量涉
du及到生存曲線分zhi析。針dao
對某個我們已挖內掘到白血病中的差異基因容,利用了tcga上的臨床資料。
需要的資料:tcga上的臨床資料。當你下下來時會發現有一大堆。
這時需要你做的就是篩選你所需要的。你需要的有:目的基因的表達量、患者生存時間、患者生存/死亡狀態。
這裡的目的基因可以是你前期差異基因分析/通路分析/臨床分析等所得到的一個或幾個基因,你需要在下一步生存分析中進一步驗證其預後影響。
軟體:sas、grapdpri**、spss、r語言都可以用。但個人感覺sas的演算法更精準,gradpri**在畫圖上更漂亮且易操作。看你需求了。
檢驗演算法:採用kaplan-meier (k-m) 生存分析法來計算生存時間及生存率,採用log-rank檢驗比較生存差異,取p值小於0.05為有統計學意義。
具體操作原理:根據目的基因的表達量,將患者分為高表達組和低表達組。這裡的分組方法,可以是根據平均值,也可以是中值。
我查閱了大量文獻,認為中值更合理。將分組後的兩組患者資料匯入軟體,這裡的軟體可以是上所述的任意一種,而資料包括了患者生存時間、患者生存/死亡狀態。注:
表達量只用來分組,不用來畫生存分析。
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