1樓:匿名使用者
準備好純化過的dna模板和對應的引物就行,不需要像二代測序一樣建庫。
什麼是基因二代測序?
2樓:二凡的kiki妍
第二代測序為高通量測序,採用微珠或高密度晶片邊合成邊測序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次獲得數g資料,相對與第三代,都仍然需要擴增的方法放大訊號,擴增後再檢測。
第一代測序技術的主要特點是測序讀長可達1000bp,準確性高達99.999%,但其測序成本高,通量低等方面的缺點,嚴重影響了其真正大規模的應用。因而第一代測序技術並不是最理想的測序方法。
經過不斷的技術開發和改進,以roche公司的454技術、illumina公司的solexa,hiseq技術和abi公司的solid技術為標記的第二代測序技術誕生了。
第二代測序技術大大降低了測序成本的同時,還大幅提高了測序速度,並且保持了高準確性,以前完成一個人類基因組的測序需要3年時間,而使用二代測序技術則僅僅需要1周,但在序列讀長方面比起第一代測序技術則要短很多。
1)測序文庫的構建(library construction)
首先準備基因組(雖然測序公司要求樣品量要達到200ng,但是gnome analyzer系統所需的樣品量可低至100ng,能應用在很多樣品有限的實驗中),然後將dna隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段,並在兩頭加上特定的接頭(adaptor)。如果是轉錄組測序,則文庫的構建要相對麻煩些,rn**段化之後需反轉成cdna,然後加上接頭,或者先將rna反轉成cdna,然後再片段化並加上接頭。片段的大小(insert size)對於後面的資料分析有影響,可根據需要來選擇。
對於基因組測序來說,通常會選擇幾種不同的insert size,以便在組裝(assembly)的時候獲得更多的資訊。
2)錨定橋接(su***ce attachment and bridge amplification)
solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行,flow cell又被細分成8個lane,每個lane的內表面有無數的被固定的單連結頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構,以供後續的預擴增使用。
3)預擴增(denaturation and ***plete amplification)
新增未標記的dntp 和普通taq 酶進行固相橋式pcr 擴增,單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。通過變性,釋放出互補的單鏈,錨定到附近的固相表面。通過不斷迴圈,將會在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分佈的雙鏈待測片段。
4)單鹼基延伸測序(single base extension and sequencing)
在測序的flow cell中加入四種熒游標記的dntp 、dna聚合酶以及接頭引物進行擴增,在每一個測序簇延伸互補鏈時,每加入一個被熒游標記的dntp就能釋放出相對應的熒光,測序儀通過捕獲熒光訊號,並通過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰,從而獲得待測片段的序列資訊。從熒光訊號獲取待測片段的序列資訊的過程叫做base calling,illumina公司base calling所用的軟體是illumina』s genome analyzer sequencing control software and pipeline analysis software。讀長會受到多個引起訊號衰減的因素所影響,如熒游標記的不完全切割。
隨著讀長的增加,錯誤率也會隨之上升。
5)資料分析(data analyzing)
這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分,但是隻有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列,要通過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的contigs甚至是整個基因組的框架,或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上,並進一步分析得到有生物學意義的結果。
3樓:讚的都帥
即第二代dna測序技術。
dna測序(dna sequencing)作為一種重要的實驗技術,在生物學研究中有著廣泛的應用。早在dna雙螺旋結構(watson and crick,1953)被發現後不久就有人報道過dna測序技術,但是當時的操作流程複雜,沒能形成規模。隨後在2023年sanger發明了具有里程碑意義的末端終止測序法,同年a.
m.maxam和w.gilbert發明了化學降解法。
sanger法因為既簡便又快速,並經過後續的不斷改良,成為了迄今為止dna測序的主流。
然而隨著科學的發展,傳統的sanger測序已經不能完全滿足研究的需要,對模式生物進行基因組重測序以及對一些非模式生物的基因組測序,都需要費用更低、通量更高、速度更快的測序技術,第二代測序技術(next-generation sequencing)應運而生。
這三個技術平臺各有優點,454 flx的測序片段比較長,高質量的讀長(read)能達到400bp;solexa測序價效比最高,不僅機器的售價比其他兩種低,而且執行成本也低,在資料量相同的情況下,成本只有454測序的1/10;solid測序的準確度高,原始鹼基資料的準確度大於99.94%,而在15x覆蓋率時的準確度可以達到99.999%,是目前第二代測序技術中準確度最高的。
基因測序是一種新型基因檢測技術,能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列,**罹患多種疾病的可能性,個體的行為特徵及行為合理。基因測序技術能鎖定個人病變基因,提前預防和**。
基因測序相關產品和技術已由實驗室研究演變到臨床使用,可以說基因測序技術,是下一個改變世界的技術
4樓:匿名使用者
二代測序:將基因組dna打碎成約100-200個鹼基的小片段,在片段的兩個末端加上接頭 ( adapter )。將dn**段變成單鏈後通過接頭與晶片表面的引物鹼基互補而使一端被固定在晶片上。
另外一端隨機和附近的另外一個引物互補,也被固定住,形成橋狀結構。通過30輪擴增反應,每個單分子被擴增大約1000 倍,成為單克隆的dna簇,隨後將dna 簇線性化。在下一步合成反應中,加入改造過的dna聚合酶和帶有4種熒游標記的dntp。
在dna合成時,每一個核苷酸加到引物末端時都會釋放出焦磷酸鹽,激發生物發光蛋白髮出熒光。用鐳射掃描反應板表面,在讀取每條模板序列第一輪反應所聚合上去的核苷酸種類後,將這些熒光基團化學切割,恢復3』端黏性,隨後新增第二個核苷酸。如此重複直到每條模板序列都完全被聚合為雙鏈。
這樣,統計每輪收集到的熒光訊號結果, 就可以得知每個模板dn**段的序列。(中源-協-和-基-因)
5樓:dotaer嘯塵
全基因組重測序(whole genome sequencing))是利用高通量測序平臺對已知基因組序列物種的不同個體或群體的基因組進行重測序,並在此基礎上對個體或群體進行差異性分析。
針對染色體大規模結構變異引起的遺傳疾病,利用低覆蓋全基因組測序結合高效的計算分析手段即可解決 。同時,利用低覆蓋全基因組測序技術,還可以對大規模人群連鎖、關聯進行研究。極少數遺傳疾病由編碼蛋白質區域以外的小變異造成。
這類變異只能使用高覆蓋度全基因組測序檢測。euler使用改進的建庫技術進行全基因組測序,提高覆蓋度、均一性、轉化速率等重要指標。通過自主研發的資訊分析管線,全面分析可能的遺傳變異。
案例分析
臨床案例---地中海貧血症
收樣要求
● 樣本型別:外周血,血漿,ffpe。
● 抗凝劑:枸櫞酸鈉或edta,不能用肝素。
● 採用常規edta抗凝採血管採集的靜脈血≥6ml,可在4°C下暫時儲存及運轉,應當自離體後8小時內完成血漿分離。
● 採用專用血漿儲存管(如streck管)採集的靜脈血≥6ml,可在室溫下暫時儲存及運轉,應當自離體後72小時內完成血漿分離。
● 分離的血漿樣本≥2ml,直接儲存於-80°c 冰箱,在乾冰冷鏈狀態下暫時儲存及運轉。
送去生物公司做dna測序要多久得到結果?
6樓:匿名使用者
那要看來要測的是什麼dna和用什麼測序平源臺測了。如果樣品bai已經準備好,在測序du之前需要建庫,如果zhi不計等待的時間,dao建庫應該1到2個星期,測序的話現在除了hiseq 二代測序儀較久(不過準確性相對高點),可能要2個星期,其它的例如miseq、pacbio rs ii都挺快的,大概幾天就出測序結果。
每個測序平臺的成本都不一樣,一次可測序的資料庫也有差別。可綜合考慮後做選擇。
7樓:匿名使用者
只算了上級測序的時間吧?測序後資料分析不算?誤導大眾啊
二代測序中,對樣本建庫後上機測序,一個lane對應幾個庫?
8樓:匿名使用者
一般是一個lane跑一個庫比較好吧,也可以通過給不同的庫做好不同標記放在一個lane裡面測啊,不過那都是一些公司節省成本的方法啊,樣本如果資訊太複雜這樣做會出問題的
打算做試管嬰兒提前需要做哪些準備工作
一 需要準備的材料有患者夫妻雙方的結婚證 身份證，以及既往手術 如宮腹腔鏡 的出院小結 輸卵管檢查等報告有效期內的檢查報告。二 完成以下常規體檢。女方 d3內分泌 乙肝 丙肝 梅毒 艾滋病 血常規 血液 rh 肝功能 腎功能 torch 甲狀腺功能 凝血功能 心電圖 白帶常規 支原體 衣原體 淋球菌...
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開一家蛋糕烘焙店需要做哪些準備工作啊？
你好，要準備的話就是首先你這個蛋糕店的裝修一下，比如說貨架呀，然後風格呀，風格的話，你喜歡什麼風格，可以跟這個裝修師傅說一下，然後其次呢，就是這個做蛋糕的一些工具啊，要準備好，比如說烤箱啊，比如說模具啊。祝你生活愉快。1.購買或者租賃場地，購置相關的裝置和工具，場地要符合糕點加工的要求。3.原料購入...