CHIPseq的基本介紹,ChIPseq測序後該做哪些生物資訊學分析

2021-03-04 04:32:01 字數 1537 閱讀 2515

1樓:手機使用者

染色質免疫共沉

澱技術(chromatin immunoprecipitation,chip)也稱結合位點分析法,是研究體內蛋白質與dna相互作用專的有力工屬

具,通常用於轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將chip與第二代測序技術相結合的chip-seq技術,能夠高效地在全基因組範圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的dna區段。

chip-seq的原理是:首先通過染色質免疫共沉澱技術(chip)特異性地富集目的蛋白結合的dn**段,並對其進行純化與文庫構建;然後對富集得到的dn**段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標籤精確定位到基因組上,從而獲得全基因組範圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的dna區段資訊。

chip-seq測序後該做哪些生物資訊學分析

2樓:匿名使用者

高通量資料型別主要包括基因晶片和基因測序,我估計你想知道的是具體的內容。

具體的內容其實是指的高通量測序技術的應用,例如microarray,rna-seq,exome-seq,target-seq,whole-genome-sequencing,巨集基因組,16s rna,microrna,lncrna測序等。

研究的問題就更五花八門了,像現在精準醫療的概念很火,主要是以基因測序為入口,後面的應用,例如產前診斷,孕前診斷等,甚至像親子鑑定,腫瘤靶標等都可以通過生物資訊學的分析手段來搞定。

生物資訊分析分為幾個層次,第一個層次基本上就是用別人做好的成熟軟體,直接分析出你要的結果,再深入就是你會根據問題找到更合適的一些軟體或者模組,自己組建一些分析流程,包括自己寫一些輔助的程式指令碼,更深入的層次就是市面上沒有符合你要求的軟體或者統計演算法,你依據自己的需求,定製自己的分析過程,自己從頭開始寫基礎程式,寫統計演算法,寫模型等。到了這個程度就沒有那麼多限制了,主要比的是個人的思維想法以及眼界開闊程度。

現在也很多生物資訊的分析方法應用在大資料的各個領域。本質是各種統計思維方法的實現,找出特定的模式結果。

3樓:匿名使用者

首先進行質控過濾得到clean data;然後進行peaks calling,找出peaks;最後對這些peaks進行註釋。

高階分析包括peaks的富集等等等等

chip-chip和chip-seq有什麼區別

4樓:奔跑的窩牛的家

染色質免疫共沉澱copy技術(chromatin immunoprecipitation,chip)也稱結合位點分析法,是研究體內蛋白質與dna相互作用的有力工具,通常用於轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將chip與第二代測序技術相結合的chip-seq技術,能夠高效...

5樓:匿名使用者

染色質bai免疫共沉澱技術(chromatin immunoprecipitation,duchip)也稱結合位點分析法,是研zhi究體dao內蛋白質與dna相互作用的有力工具,版通常用權於轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將chip與第二代測序技術相結合的chip-seq技術,能夠高效...

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